重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)成立于1940年4月（時(shí)名為“中華醫(yī)學(xué)會(huì)重慶分會(huì)”，1997年更名為“重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)”），成立之初僅有會(huì)員50余名。新中國(guó)成立后，重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)在總會(huì)和西南軍政委員會(huì)的關(guān)懷和支持下，于1951年迅速恢復(fù)工作，為醫(yī)療衛(wèi)生工作的全面恢復(fù)做出了積極的貢獻(xiàn)。

學(xué)會(huì)按照《章程》的規(guī)定，堅(jiān)持“以學(xué)術(shù)活動(dòng)為中心、以社會(huì)效益為準(zhǔn)則”的宗旨，堅(jiān)持“依靠專家、民主辦會(huì)”的原則，加強(qiáng)學(xué)會(huì)辦事機(jī)構(gòu)的自身建設(shè)，力爭(zhēng)承擔(dān)更多的職能，把學(xué)會(huì)工作提高到新的水平。

1940年4月成立中華醫(yī)學(xué)會(huì)重慶分會(huì)。選舉曾定夫、李定安、陳文鏡、張歷耕、楊崇瑞為執(zhí)行委員，劉朝覲、虛致清、李士倚為監(jiān)察委員。有會(huì)員約50人。

1946年學(xué)會(huì)進(jìn)行改選，選舉李之郁為第二屆理事會(huì)理事長(zhǎng)。

1948年因受時(shí)局變化影響，學(xué)會(huì)活動(dòng)基本停止。

1951年4月，召開(kāi)恢復(fù)學(xué)會(huì)籌委會(huì)議；6月召開(kāi)選舉會(huì)議，選舉董秉奇為第五屆理事會(huì)理事長(zhǎng)，薛印輝為秘書長(zhǎng)；12月成立外科、放射專業(yè)委員會(huì)。

1952年9-11月，先后成立婦產(chǎn)科、內(nèi)科、口腔科專業(yè)委員會(huì)。

1953年3月，成立公共衛(wèi)生專業(yè)委員會(huì)。9月，學(xué)會(huì)秘書長(zhǎng)薛映輝工作調(diào)動(dòng)，選舉安龍章為秘書長(zhǎng)。

1954年初，重慶市衛(wèi)生局決定，學(xué)會(huì)遷址與重慶市衛(wèi)生工作者協(xié)會(huì)合署辦公。2-4月先后成立結(jié)核科、兒科專業(yè)委員會(huì)、肺吸蟲(chóng)病專門研究委員會(huì)。5月17日，理事會(huì)改選，選舉董秉奇為第六屆理事會(huì)理事長(zhǎng)，伍義澤、胡先文為副理事長(zhǎng)，安龍章為秘書長(zhǎng)，選出理事18人。吸取40名中醫(yī)師入會(huì)后，增選宦世安為副理事長(zhǎng)。6月，成立《學(xué)習(xí)資料》編輯委員會(huì)。

1955年7月，成立病理科專業(yè)委員會(huì)。

1956年5月，學(xué)會(huì)改選，選舉何正清為第七屆理事會(huì)理事長(zhǎng)，米景賢、伍義澤、唐陽(yáng)春為副理事長(zhǎng)，安龍章為秘書長(zhǎng)，選出理事22人。

1957年12月，學(xué)會(huì)舉行年會(huì)，改選了理事會(huì)，選舉周澤昭為第八屆理事會(huì)理事長(zhǎng)，伍義澤、米景賢為副理事長(zhǎng)，選出理事15人。

1959年5月，召開(kāi)理事會(huì)擴(kuò)大會(huì)議，確定了統(tǒng)一領(lǐng)導(dǎo)、分片活動(dòng)的原則，建立起12個(gè)專業(yè)委員會(huì)學(xué)術(shù)活動(dòng)基地。12月，成立重慶市醫(yī)藥衛(wèi)生學(xué)會(huì)，中華醫(yī)學(xué)會(huì)重慶分會(huì)、中國(guó)醫(yī)藥學(xué)會(huì)重慶分會(huì)、中華護(hù)士學(xué)會(huì)重慶分會(huì)均作為重慶市醫(yī)藥衛(wèi)生學(xué)會(huì)組成部分。各學(xué)會(huì)名稱保留、其印章可對(duì)外。

1966年5月開(kāi)始，受“文化大革命”影響，學(xué)會(huì)和各專業(yè)委員會(huì)集體學(xué)術(shù)活動(dòng)中斷，但仍有不少會(huì)員堅(jiān)持學(xué)術(shù)研究，撰寫、翻譯學(xué)術(shù)資料。

1972年，在冉瑞圖、黃星垣等會(huì)員提議下，經(jīng)市衛(wèi)生局批準(zhǔn)，組建了“重慶醫(yī)藥衛(wèi)生科技情報(bào)網(wǎng)”，設(shè)內(nèi)科、外科、中醫(yī)、藥學(xué)專業(yè)四個(gè)學(xué)組。1976-1978年9月，該情報(bào)網(wǎng)下設(shè)13個(gè)專業(yè)委員會(huì)。

1978年9月，經(jīng)市科委批復(fù)同意恢復(fù)中華醫(yī)學(xué)會(huì)四川省重慶分會(huì)。充實(shí)調(diào)整了理事會(huì)，選舉錢悳為第九屆理事會(huì)會(huì)長(zhǎng)，王安定、李宗明、楊立璇、高平階、潘龍為副會(huì)長(zhǎng)，宇聞為秘書長(zhǎng)。

1979年11月，經(jīng)市衛(wèi)生局批準(zhǔn)，建立醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、中醫(yī)、護(hù)理、中西醫(yī)、防癆學(xué)會(huì)聯(lián)合辦公室。并成立科學(xué)普及、組織、學(xué)術(shù)、繼續(xù)教育四個(gè)工作委員會(huì)。同時(shí)恢復(fù)原有13個(gè)專業(yè)委員會(huì)。

1983年3月，中華醫(yī)學(xué)會(huì)永川地區(qū)分會(huì)并入重慶醫(yī)學(xué)會(huì)。

1984年3月，改選了理事會(huì)，選舉錢悳為第十屆理事會(huì)名譽(yù)會(huì)長(zhǎng)，李宗明為會(huì)長(zhǎng)，宇聞、陳崇遠(yuǎn)、吳味辛、楊宗瑞、程天民為副會(huì)長(zhǎng)，宇聞兼任秘書長(zhǎng)。

1985年，建立了重慶六學(xué)會(huì)（醫(yī)學(xué)會(huì)、藥學(xué)會(huì)、護(hù)理學(xué)會(huì)、防癆學(xué)會(huì)、中醫(yī)學(xué)會(huì)、中西醫(yī)結(jié)合研究會(huì)）科技聯(lián)合咨詢服務(wù)部。

1989年8月，召開(kāi)了第十一屆會(huì)員代表大會(huì)，選舉陳崇遠(yuǎn)為會(huì)長(zhǎng)，程天民、李?？俏缎?、周雅德、楊宗瑞為副會(huì)長(zhǎng)；朱中仁為秘書長(zhǎng)。

因人事變動(dòng)，1991年調(diào)整張澤普為會(huì)長(zhǎng)；1993年恢復(fù)陳崇遠(yuǎn)為會(huì)長(zhǎng)。

1995年7月，召開(kāi)了第十二屆會(huì)員代表大會(huì)，選舉陳崇遠(yuǎn)為會(huì)長(zhǎng)，馬達(dá)、王丕龍、李祥龍、李薈元、周雅德、鄒恒儒為副會(huì)長(zhǎng)；劉克佳為秘書長(zhǎng)。

重慶直轄后，為使醫(yī)學(xué)會(huì)在新的歷史條件下有“高起點(diǎn)”、“高標(biāo)準(zhǔn)”，在廣泛征求有關(guān)專家和廣大會(huì)員意見(jiàn)的基礎(chǔ)上，1998年8月組建了重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)第一次會(huì)員代表大會(huì)籌備工作委員會(huì)，決定順應(yīng)重慶直轄的大好形勢(shì)，將“重慶醫(yī)學(xué)會(huì)第十三屆會(huì)員代表大會(huì)”更名為“重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)第一屆會(huì)員代表大會(huì)”，會(huì)議于1998年12月22日召開(kāi)，選舉李祥龍為會(huì)長(zhǎng)，馬達(dá)、王謙、王丕龍、劉美良、何德沛、卓大華、潘倩為副會(huì)長(zhǎng)；潘倩兼任秘書長(zhǎng)。時(shí)任市領(lǐng)導(dǎo)馮克熙、程貽舉等到會(huì)祝賀并作講話。時(shí)任中共重慶市委副書記、市政府常務(wù)副市長(zhǎng)王鴻舉，中共重慶市委常委、秘書長(zhǎng)騰久明，市人大常委會(huì)副主任馮克熙，市政府副市長(zhǎng)程貽舉，已故中國(guó)工程院院士黎鰲，重慶醫(yī)學(xué)會(huì)第九屆會(huì)長(zhǎng)、重慶醫(yī)科大學(xué)原校長(zhǎng)錢悳，中國(guó)工程院院士王正國(guó)，重慶醫(yī)學(xué)會(huì)第十屆會(huì)長(zhǎng)、著名消化內(nèi)科專家李宗明為重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)第一屆會(huì)員代表大會(huì)的召開(kāi)題詞。

因人員工作變動(dòng)，1999年9月8日，一屆二次常務(wù)理事會(huì)增補(bǔ)王正國(guó)、金先慶、鄔顯華為副會(huì)長(zhǎng)，由鄔顯華兼任秘書長(zhǎng)主持學(xué)會(huì)日常工作。

2000年10月30日，重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)在重慶霧都賓館隆重召開(kāi)了成立60周年慶祝大會(huì)。時(shí)任市人大常委會(huì)馮克熙副主任、市政府程貽舉副市長(zhǎng)等市領(lǐng)導(dǎo)親臨大會(huì)并作講話。市委宣傳部、市政協(xié)教科文委、市科協(xié)、市民政局、市衛(wèi)生局和中華醫(yī)學(xué)會(huì)等有關(guān)部門的領(lǐng)導(dǎo)到會(huì)祝賀。來(lái)自全市各醫(yī)療單位，各區(qū)縣（自治縣）衛(wèi)生局、醫(yī)學(xué)會(huì)和重慶醫(yī)科大學(xué)、第三軍醫(yī)大學(xué)的領(lǐng)導(dǎo)、專家和會(huì)員代表共300多人參加大會(huì)。中華醫(yī)學(xué)會(huì)楊鏡副會(huì)長(zhǎng)、辦公室李剛主任和北京市醫(yī)學(xué)會(huì)秘書長(zhǎng)何瑞祥、上海市醫(yī)學(xué)會(huì)黨委書記朱依及西部各省市醫(yī)學(xué)會(huì)秘書長(zhǎng)出席了慶祝大會(huì)。時(shí)任衛(wèi)生部部長(zhǎng)、中華醫(yī)學(xué)會(huì)會(huì)長(zhǎng)張文康和市政府程貽舉副市長(zhǎng)分別為重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)成立60周年紀(jì)念畫冊(cè)、紀(jì)念封作序、題詞，為大會(huì)題詞的還有中國(guó)工程院院士、著名防原醫(yī)學(xué)專家程天民。

2006年5月11日，重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)第二屆會(huì)員代表大會(huì)在重慶東方花苑飯店隆重召開(kāi)。市委、市人大、市政府、市政協(xié)分管領(lǐng)導(dǎo)，中華醫(yī)學(xué)會(huì)吳明江副會(huì)長(zhǎng)，市衛(wèi)生局、市科協(xié)、市民政局、第三軍醫(yī)大學(xué)、重慶醫(yī)科大學(xué)等部門和單位領(lǐng)導(dǎo)及來(lái)自8個(gè)兄弟省市醫(yī)學(xué)會(huì)的領(lǐng)導(dǎo)出席了大會(huì)。還有全市的292名會(huì)員代表參加了會(huì)議。大會(huì)民主選舉產(chǎn)生了第二屆理事會(huì)及領(lǐng)導(dǎo)集體，選舉屈謙任第二屆理事會(huì)會(huì)長(zhǎng)，周英杰、趙先柱、王正國(guó)、吳小翎、何德沛、李慶平、陳華為副會(huì)長(zhǎng)，陳華兼任秘書長(zhǎng)。

2012年8月31日，重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)第三屆會(huì)員代表大會(huì)暨理事會(huì)換屆改選會(huì)議在重慶東方花苑飯店隆重召開(kāi)。市人大、市政府、市政協(xié)分管領(lǐng)導(dǎo)，中華醫(yī)學(xué)會(huì)劉雁飛副會(huì)長(zhǎng)，市衛(wèi)生局、市科協(xié)、市民間組織管理局、第三軍醫(yī)大學(xué)、重慶醫(yī)科大學(xué)等部門和單位領(lǐng)導(dǎo)及原第三軍醫(yī)大學(xué)校長(zhǎng)、中國(guó)工程院程天民院士出席了大會(huì)。來(lái)自全市各區(qū)縣（自治縣）醫(yī)學(xué)會(huì)、第三軍醫(yī)大學(xué)、重慶醫(yī)科大學(xué)、市級(jí)醫(yī)療衛(wèi)生單位、駐渝部隊(duì)醫(yī)院和大型企業(yè)職工醫(yī)院的300余名代表參加了會(huì)議。大會(huì)民主選舉產(chǎn)生了第三屆理事會(huì)及領(lǐng)導(dǎo)集體，選舉屈謙連任第三屆理事會(huì)會(huì)長(zhǎng)，傅仲學(xué)、王云貴、王正國(guó)、吳小翎、陳華、李慶平為副會(huì)長(zhǎng)，周紅任秘書長(zhǎng)。

2019年6月19日，重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)第四屆會(huì)員代表大會(huì)暨理事會(huì)換屆改選會(huì)議在重慶渝州賓館隆重召開(kāi)。時(shí)任市政協(xié)張玲副主席，中華醫(yī)學(xué)會(huì)王大方副秘書長(zhǎng)，市衛(wèi)生健康委、市科協(xié)和市民政局有關(guān)領(lǐng)導(dǎo)出席了會(huì)議。來(lái)自全市各區(qū)縣（自治縣）醫(yī)學(xué)會(huì)、重慶醫(yī)科大學(xué)、陸軍軍醫(yī)大學(xué)、市級(jí)醫(yī)療衛(wèi)生單位、駐渝部隊(duì)醫(yī)院和大型企業(yè)醫(yī)院的200余名代表參加了會(huì)議。大會(huì)民主選舉產(chǎn)生了第四屆理事會(huì)及第一屆監(jiān)事會(huì)，傅仲學(xué)當(dāng)選為第四屆理事會(huì)會(huì)長(zhǎng)，卞修武、楊慶軍、張先祥、陳蓉、周紅、徐迪雄、黃、黃愛(ài)龍當(dāng)選為副會(huì)長(zhǎng)（按姓氏筆畫排序），周紅兼任秘書長(zhǎng)；靖琳當(dāng)選為第一屆監(jiān)事會(huì)監(jiān)事長(zhǎng)。

因人員工作變動(dòng)，2020年10月28日，四屆三次理事會(huì)增補(bǔ)劉國(guó)祥、李小成為副會(huì)長(zhǎng)。

2020年10月28日，重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)在重慶君豪大飯店隆重召開(kāi)了成立80周年慶祝大會(huì)。時(shí)任市政協(xié)副主席、學(xué)會(huì)榮譽(yù)會(huì)長(zhǎng)張玲作了講話，市級(jí)有關(guān)部門、各醫(yī)療衛(wèi)生單位、重慶醫(yī)科大學(xué)、陸軍軍醫(yī)大學(xué)及各區(qū)縣（自治縣）醫(yī)學(xué)會(huì)的領(lǐng)導(dǎo)、專家和會(huì)員代表近300人參加了會(huì)議。全體參會(huì)代表觀看了《薪火相傳、初心不改》紀(jì)念短片，回顧了80年來(lái)披荊斬棘的開(kāi)拓精神和碩果累累的喜悅之情。大會(huì)表彰了在學(xué)會(huì)建設(shè)與發(fā)展歷程中做出積極貢獻(xiàn)的49名先進(jìn)個(gè)人和34個(gè)先進(jìn)集體。

2024年12月25日，重慶市醫(yī)學(xué)會(huì)第五屆第一次會(huì)員代表大會(huì)在重慶渝州賓館召開(kāi)。市人民政府副市長(zhǎng)但彥錚出席大會(huì)開(kāi)幕式并講話，市衛(wèi)生健康委、市民政局、市科協(xié)、陸軍軍醫(yī)大學(xué)、重慶醫(yī)科大學(xué)有關(guān)領(lǐng)導(dǎo)及中國(guó)科學(xué)院卞修武院士、中國(guó)工程院蔣建新院士出席大會(huì)。來(lái)自重慶大學(xué)、重慶醫(yī)科大學(xué)、陸軍軍醫(yī)大學(xué)、市級(jí)醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)、駐渝部隊(duì)醫(yī)院、部分大型企業(yè)醫(yī)院、部分民營(yíng)醫(yī)療機(jī)構(gòu)以及部分區(qū)縣（自治縣）醫(yī)學(xué)會(huì)的290名代表參會(huì)。大會(huì)民主選舉產(chǎn)生了第五屆理事會(huì)及及第二屆監(jiān)事會(huì)，邢雅翕當(dāng)選為第五屆理事會(huì)會(huì)長(zhǎng)，王生成、王亞洲、李小兵、楊縉、肖穎彬、吳昊、周瑋、徐永柱、黃愛(ài)龍、譙波等10人當(dāng)選為副會(huì)長(zhǎng)（按姓氏筆畫排序），徐永柱兼任秘書長(zhǎng)；李俊龍當(dāng)選為第二屆監(jiān)事會(huì)監(jiān)事長(zhǎng)。